L ’eau étant le principal facteur de la vie sur terre, la gestion de l’eau est primordiale en permaculture. Actuellement, le monde fait face à deux problèmes majeurs concernant l’eau. Premièrement, des sécheresses de plus en plus fréquentes qui laissent des sols secs incapables d’absorber l’eau. Deuxièmement, des pertes de sol liées aux intempéries et à certaines pratiques agricoles comme le labour et les sols nus. Le design en permaculture de sa ferme puis l’utilisation des techniques d’agriculture et d'hydrologie régénératives, au sein de ce design, répondent à ces problématiques et permettent de régénérer les sols et leur fertilité.
Lors de précipitations, une partie de l’eau de pluie s’infiltre dans les sols et vient recharger les nappes phréatiques, tandis qu’une autre partie ruisselle sur le sol et finit dans les cours d’eau puis dans l’océan. Quand la pluie tombe sur un sol qui est laissé nu avec peu ou pas de végétation et notamment lorsque le sol est en pente, elle ne pénètre pas dans le sol mais ruisselle le long de la pente. En ruisselant, elle emporte, avec elle, des particules de sol. A cela, peut s’ajouter la création d’une croûte de battance, c’est-à-dire que la pluie tasse le sol, empêchant ainsi l’eau de s’infiltrer. Ce ruissellement entraîne un lessivage de l’humus, c’est-à-dire de la couche superficielle du sol qui provient de la décomposition des végétaux et qui est fertile. On a donc une perte de sol et de fertilité due au ruissellement de l’eau. En moyenne chaque année on perd ainsi 7 à 10 tonnes de terre par hectare.
La solution à ces problématiques d’érosion est de régénérer les sols et permettre à l’eau de s’y infiltrer. C’est un grand enjeu du design en permaculture : concevoir des systèmes qui pacifient l’eau. C’est-à-dire qui la ralentissent suffisamment pour lui laisser le temps de s’infiltrer. L’objectif est que l’eau reste le plus longtemps possible dans l’écosystème afin qu’elle contribue à en améliorer sa fertilité. Pour cela, le design en permaculture combine différentes stratégies d’hydrologie régénérative (mare, swale) suivant les conditions intrinsèques à chaque site. Naturellement, l’eau a tendance à aller des crêtes vers les vallées. Grâce à la mise en place d’ouvrages hydrauliques on peut stocker l’eau en hauteur et utiliser cette eau pour irriguer et fertiliser l’écosystème en aval, sans utiliser de pompe, seulement par gravité.
Grâce au design et à une bonne gestion de l’eau, une ferme en permaculture est capable de collecter, stocker, diffuser et économiser l'eau. Cela améliore grandement la capacité du site à être plus productif même en cas de sécheresses. Le design permet donc de maximiser l'utilisation des précipitations régulières. Il permet également de préparer les évènements de pluies extrêmes et d'inondations. En effet, la permaculture encourage les sols riches en matières organiques grâce au design et à diverses techniques. Ces techniques sont le mulch, les apports fréquents de matières organiques, les plantes compagnones, le non-compactage du sol et la récolte des déchets (fumain, déchets organiques, fumiers animaux, phytoépuration). Cela permet de régénérer le sol qui est alors plus apte à absorber les fortes pluies. De plus, la qualité de l'eau est préservée. En effet, en limitant l’érosion, le design en permaculture permet à l'eau d'être plus "propre". Les pertes en azote sont également réduites. En effet, aucun engrais chimique n'est utilisé, ce qui permet de limiter l'eutrophisation des cours d'eau et donc de préserver la qualité des eaux alentours.